在南京医院看病，农保（新型农村合作医疗）的报销流程如下：

1. 在定点医疗机构住院 ：

• 如果是在各级定点医疗机构住院的，实行出院就能报销的制度。参保人只需支付个人自付部分，农保基金补偿部分由定点医疗机构先行垫付。

2. 在非定点医疗机构住院 ：

• 如果是在非定点医疗机构住院治疗的，参保人需要先支付全部住院医药费用，出院后再凭相关材料向参保地的合作医疗经办机构申请办理报销。合作医疗经办机构经过审核后给予结算。

3. 转诊手续 ：

• 已经办理了转诊手续的参合患者可以到提供直接结算服务的定点医疗机构就诊，出院结算时只支付自负部分，新农合基金补偿部分由定点医疗机构先行垫付。定点医疗机构会定期将相关信息报送至本地省级结算平台，就医地省级新农合结算平台与医疗机构定期结算垫付的资金。

4. 携带相关材料 ：

• 参保患者在医保定点医疗机构住院治疗，出院时需要自行在医疗机构完成相关费用的结算。如果是外地农保在南京看病，须携带相关材料到所在镇（开发区）合管办，经审核通过后按规定报销。

5. 报销比例 ：

• 住院费用报销比例根据具体情况而定，一般门诊费用报销比例在50%至80%之间，住院费用报销比例在60%至90%之间，具体比例以当时政策规定为准。

建议：

• 尽量选择定点医疗机构进行治疗，以便于出院时能够直接结算，减少个人负担。

• 如果确实需要在非定点医疗机构住院，务必提前了解并办理好相关转诊和报销手续。

• 保留好所有就医相关的发票和材料，以便在申请报销时使用。