入职新单位时，需要办理医保停保的主要原因是为了 避免重复参保和确保社保权益 。具体原因如下：
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避免重复参保 ：一个人不能同时在两个不同的医保体系中参保，否则会导致医保费用结算出现问题。例如，如果一个人同时参加了城乡居民医保和城镇职工医保，就需要暂停其中一个医保，以避免重复参保。
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确保社保权益 ：在入职新单位时，新单位需要为劳动者办理新的社保参保手续。为了确保新单位能够顺利为劳动者缴纳社保，并且劳动者的社保权益不受影响，劳动者需要先暂停原单位的社保关系，即办理停保手续。
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社保系统要求 ：社保系统不允许同一人在同一时间段内由两个单位同时缴纳社保。因此，在入职新单位前，个人需要与原单位的人力资源部门或社保专员沟通，办理社保停缴手续，以确保新单位能够顺利为劳动者缴纳社保。
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社保关系转移 ：如果劳动者在原单位离职后，在新的城市找到工作，需要将原单位的社保关系转移到新单位所在的城市。在办理社保转移之前，劳动者需要先办理停保手续，以便将原单位的社保关系转入新单位，继续缴纳社保。
综上所述，入职新单位时办理医保停保是为了避免重复参保，确保社保权益，并符合社保系统的要求。劳动者需要与原单位沟通，办理停保手续，并将原单位的社保关系转移到新单位，以便在新单位顺利缴纳社保。