新生儿住院医保报销比例根据医疗机构等级和地区政策有所不同，具体如下：
一、住院报销比例
- 一级医疗机构
报销比例高达 80%
例如：某地政策规定三级医院500元起付线后，基金支付80%。
- 二级医疗机构
报销比例 70%-75%
例如：三级医院500元起付线后，基金支付65%。
- 三级医疗机构
报销比例 60%-65%
例如：三级医院500元起付线后，基金支付60%。
二、门诊报销比例
- 普通门诊
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基层医疗机构（如村卫生室）： 60%-70%
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乡镇卫生院/社区卫生服务中心： 60%
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二级及以上医院： 50% 。
- 大病门诊
对于血友病、再生障碍性贫血等特定病种，基金无起付限，支付比例 75% 。
三、其他注意事项
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起付线标准 ：不同级别医疗机构起付线不同，例如三级医院500元、二级400元、一级200元。
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封顶线限制 ：部分地区门诊年度最高支付限额为800元（如长沙），住院年度累计限额可达15万元（不含大病保险）。
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政策差异 ：具体比例可能因地区政策调整，建议通过当地医保局或社保机构查询最新细则。
以上信息综合了多个地区的政策示例，实际报销金额需结合个人就医项目和当地医保目录确定。