农村合作医疗（新农合）与城乡居民基本医疗保险的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖范围 ：
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城乡居民医保 ：整合了原有的城镇居民医保和新农合，覆盖所有城乡居民，包括农村居民和城镇居民。
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新农合 ：专门针对农村居民，不包括城镇居民。
- 参保人群 ：
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城乡居民医保 ：所有城乡居民均可参加，无特定户籍限制。
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新农合 ：仅农村户口的居民可以参加，若转为城市户口则不再符合参保条件。
- 统筹层次 ：
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城乡居民医保 ：实行地市级统筹，可以在全市范围内选择定点医疗机构就医。
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新农合 ：实行县级统筹，若需到更高级别医院就医，需逐级转诊。
- 报销比例 ：
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城乡居民医保 ：由于统筹层次较高，基金池累积较多，报销比例相对较高，一般可达50%左右。
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新农合 ：报销比例相对较低，尤其在三甲医院的报销比例大约只有30%左右，且可报销的医药目录较少。
- 管理主体 ：
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城乡居民医保 ：主要由人社部门管理。
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇 ：
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城乡居民医保 ：保障待遇较为全面，涵盖住院、门诊大病和普通门诊。
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新农合 ：门诊待遇相对较高，但住院及门诊大病待遇略低于城乡居民医保。
建议在实际操作中，了解当地具体政策细节，以便更好地享受医疗保险待遇。