实际上，并不是“不建议”在药店刷医保卡，而是在药店使用医保卡存在一些限制和规定，可能会导致无法使用或使用不便，以下是一些主要原因：
定点药店限制
药店资质要求：只有与医保部门签订了医保协议的定点零售药店，才能使用医保卡进行购药。非定点药店无法刷医保卡。
定点药店选择有限：虽然各地医保部门会公布定点零售药店信息，但这些药店的分布可能不够广泛，或者与个人常去的药店不一致，给购药带来不便。
药品目录限制
医保目录范围：医保卡只能购买医保目录内的药品。如果药店销售的药品不在医保目录内，如一些保健品、营养品等，则无法使用医保卡支付。
药品种类不全：部分药店可能为了追求利润，更倾向于销售非医保目录内的药品，导致医保目录内的药品种类不全，影响使用医保卡购药的体验。
个人信息安全
信息泄露风险：在药店刷卡时，可能会泄露个人的姓名、身份证号、所在单位、账户余额等信息。如果药店对这些信息保管不当或被恶意利用，可能会对个人造成侵害。
隐私保护不足：药店在结算时可能会展示人员类别、参保时间、进账欠费等个人情况以及消费明细、医疗类别等健康状况，存在隐私保护不足的问题。
医保基金监管
监管严格：医保部门对医保基金的使用有严格的监管，药店需要遵守相关规定，确保医保基金的合理使用。如果药店或个人存在违规行为，可能会被暂停或取消医保定点资格，甚至面临法律责任。
异常购药行为监控：医保部门会通过智能监控等手段，对参保人员单日刷卡次数、单次刷卡购药数量或费用明显超出合理范围等情况加强审核监督。如果被认定为异常购药行为，可能会暂停医保卡的使用功能。
购药记录影响
商业保险影响：使用医保卡购药的记录可能会被保险公司调取，用于分析个人的健康状况或已患疾病，可能会影响商业保险的购买或理赔。
个人账户使用：医保卡的个人账户只能用于支付在定点零售药店发生的，符合医保目录内的医药费用，禁止用于医疗保障以外的其他消费支出。
其他限制
账户余额限制：使用医保卡购药需要确保个人账户中有足够的余额。如果余额不足，需要自费补足差额。
金融账户激活：部分地区的医保卡金融账户需要激活后才能正常使用，包括在药店刷卡购药。
系统故障：医保系统或药店系统可能出现故障，导致刷卡购药时出现问题。