农村合作医疗不能报销的原因可能有以下几种情况：
1. 未在定点医疗机构就医
非定点医疗机构：农村合作医疗有指定的定点医疗机构，如果参保人员未在这些定点医疗机构就医，其医疗费用通常不能报销。
未按规定转诊：如果需要转诊至上级医院，但未按照规定办理转诊手续，自行前往的医疗费用可能无法报销。
2. 不符合报销范围
非治疗性项目：一些非治疗性的项目，如镶牙、口腔正畸、验光配镜、助听器、美容治疗、整容和矫形手术、康复性医疗（如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等）以及各类陪客费、就诊交通费等，通常不在报销范围内。
第三方责任：如果医疗费用是由第三方责任造成的，如交通事故、医疗事故、工伤等，这些费用应由第三方承担，农村合作医疗不予报销。
违法行为导致的伤害：因自杀、自残、服毒、吸毒、打架斗殴等违法行为以及其家属的故意行为造成伤害所产生的医疗费用，也不在报销范围内。
出国或在港、澳、台地区期间发生的医疗费用：在这些地区就医的费用不在农村合作医疗的报销范围内。
3. 未按时缴费
未参保或断缴：如果未在规定时间内缴纳农村合作医疗费用，或者中途断缴，将无法享受报销待遇。
4. 超过报销限额
年度报销限额：农村合作医疗设有年度报销限额，超过这个限额的部分将无法报销。
5. 不符合当地政策规定
特殊病种限制：虽然一些特殊病种的治疗费用可以报销，但必须符合当地的具体政策规定，否则可能无法报销。
药品和项目限制：城镇职工医疗保险制度规定不予报销的药品和项目，农村合作医疗也可能不予报销。
如果您对农村合作医疗的报销政策有疑问，建议咨询当地的医保部门或定点医疗机构，以获取准确的信息。