质子和重离子在多个方面存在显著区别：
- 使用的原子不同 ：
-
质子治疗使用的是氢原子。
-
重离子治疗使用的是碳原子或其他重离子。
- 力度大小不一样 ：
-
质子治疗类似于小锤，适用于破坏癌细胞DNA的单链条。
-
重离子治疗类似于大锤，适用于破坏癌细胞DNA的双链条，使癌细胞没有修复的可能。
- 作用功效有区别 ：
-
质子治疗破坏的是癌细胞DNA的单链条，细胞有修复的可能性。
-
重离子治疗破坏的是DNA的双链条，使癌细胞完全没有修复的可能性，达到彻底“杀死”癌细胞的目的。
- 杀伤力不同 ：
-
质子射线可以打乱肿瘤细胞的DNA单链，使得肿瘤细胞修复困难。
-
重离子射线可打断肿瘤细胞的DNA双链，使被照射肿瘤细胞彻底死亡，对于部分抗拒光子甚至质子射线的肿瘤有着更好的疗效。
- 照射次数不同 ：
-
重离子治疗的次数更少，疗程更短，快的几天即可完成治疗。
-
质子治疗需要几周的时间。
- 适应症不同 ：
-
质子治疗因其精确的控制性和较低的副作用，被广泛应用于多种肿瘤的治疗，特别是那些靠近重要器官或难以通过手术切除的肿瘤。
-
重离子治疗因其卓越的生物学效应，在应对如骨肉瘤、特定软组织肿瘤等对普通放疗反应不佳的肿瘤时，表现出更高的疗效。
- 成本不同 ：
- 重离子治疗的设备较为昂贵，建设成本往往高于质子治疗所需的加速器。
- 治疗时间不同 ：
-
质子治疗通常一个疗程需要1个月左右。
-
重离子治疗则相对快速，大约在几天内即可完成治疗。
质子和重离子在治疗原理、效果、适应症、成本和治疗时间等方面均有显著差异。选择哪种治疗方法需要根据患者的具体病情、肿瘤类型以及对正常组织损伤的耐受性等因素综合考虑。