农村合作医疗门诊检查的报销流程如下：
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参保患者持合作医疗证到定点医院就医 ：您需要携带您的合作医疗证到指定的定点医院进行就医。这是报销流程的第一步，确保您能够在有资质的机构接受医疗服务。
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凭检查、治疗处方到门诊收费处划价收费 ：在就诊过程中，您需要根据医生的建议进行相应的检查和治疗，并到门诊收费处进行费用划价和收费。请确保您保存好所有的收费凭证，这些将是后续报销的重要依据。
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自行支付门诊医疗费用 ：在确认费用后，您需要自行支付门诊的医疗费用。请确保您保留好所有的支付凭证，包括现金收据、银行卡刷卡记录等。
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在相关科室进行检查 ：根据医生的建议，您可能需要在医院的各个科室进行进一步的检查和治疗。请确保您遵循医生的指导，以便获得准确的诊断和治疗。
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门诊药房取药 ：在检查完成后，您可以在门诊药房根据医生的处方取药。请确保您保存好所有的药品购买凭证，这些也是报销时需要的材料之一。
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持相关证件到新农合窗口审核、报销并领取报销款 ：您需要携带合作医疗证、身份证、户口本、发票等相关证件到新农合窗口进行审核和报销。审核通过后，您可以领取到报销款。
需要注意的是，不同地区的具体报销流程和所需材料可能会有所不同，建议您在就诊前咨询当地的医保部门或定点医院，以获取最准确的信息。一些地区可能支持直接结算，即在支付医疗费用时直接扣除可报销的部分，这样可以省去后续的报销手续。