农村合作医疗门诊的报销流程如下：

1. 直接刷卡报销 ：

• 参保患者凭有效证件（如身份证、医疗卡）在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可以直接刷卡报销。

• 在区内及区外市内定点医疗机构住院时，出院结账时也可以直接刷卡报销。

2. 窗口报销 ：

• 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 普通门诊报销 ：

• 在村级卫生院就诊可报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。

• 在镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。

• 在二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。

• 在三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。出院时，医院将按照补偿相关规定给予实时结报。

5. 门诊费用报销程序 ：

• 参保患者持合作医疗证到定点医院就医。

• 凭检查、治疗处方到门诊收费处划价收费。

• 参保者先行垫付该费用。

• 在相关科室进行检查和门诊药房取药。

• 持合作医疗证、身份证、户口本、发票等到新农合窗口审核、报销并领取报销款。

建议：

• 参保患者应尽量选择定点医疗机构进行就诊，以便享受更高的报销比例和更便捷的报销流程。

• 对于特殊病种，患者应及时向新农合业管中心提出申请，以便获得特殊病种门诊报销的资格。

• 参保患者应在规定的时间内办理报销手续，以免错过报销时限。