扁桃体炎有急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎。急性扁桃体炎的病因是乙型溶血性链球菌为本病的主要致病菌，为溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、流感杆菌及腺病毒和鼻病毒，单纯疱疹病毒等也可以引起本病。
细菌和病毒混合感染者不少见，近年还有发现厌氧菌感染者，革兰氏阴性杆菌感染直上升趋势。急性严重者，如果没有青霉素类过敏史可以首先选用阿莫西林。如果有条件在确定致病菌后，根据药敏试验采取相应针对性的应用抗菌素。
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