不会
医保停交三个月不会导致缴费年限清零，但会影响医保待遇的享受。具体说明如下：
一、缴费年限与账户状态
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缴费年限累计计算
根据我国社保法规定，社保缴费年限是累计计算的，断缴期间已缴费用不会清零。重新就业或续缴后，之前的缴费年限可继续累计。
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医保个人账户余额
医保个人账户的资金属于个人财产，断缴期间仍可正常使用，但无法享受门诊、住院等报销待遇。
二、医保待遇影响
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医疗保险报销中断
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断缴次月起失效 ：医保断缴次月开始无法报销医疗费用，需连续缴费3-6个月才能恢复报销资格。
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补缴后待遇恢复时间 ：补缴后次月可恢复报销，但累计缴费年限不连续计算，可能影响退休后养老金计算。
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其他社保待遇
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养老金 ：断缴不影响退休年龄和基础养老金计算，但累计缴费年限减少会导致个人账户储存额降低，可能降低养老金待遇。
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生育保险 ：中断可能影响生育津贴领取，需连续缴纳满12个月。
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三、其他注意事项
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灵活就业人员参保 ：断缴期间可以个人身份参保，但需连续缴费满6个月才能享受医保待遇。
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养老保险 ：累计缴满15年即可领取养老金，断缴不影响最终领取资格，但缴费年限减少会影响基础养老金计算。
建议尽量减少医保断缴时间，避免影响医疗报销和养老金待遇。若已断缴，应尽快补缴并恢复参保。