​​医保协议药店管理制度通过明确定点药店准入条件、运营规范和监管措施，保障医保基金安全与参保人权益，其核心包括严格的申请资质审核、强制的处方药销售规范及全面的费用审核机制。​​

医保定点零售药店需依法取得药品经营许可证，且注册地址正式经营满3个月，至少配备1名注册在本店的执业药师及2名专职医保管理人员，同时建立符合规定的药品分类分区、进销存管理系统及医保编码对接能力，确保药品质量与数据安全。申请材料需涵盖经营资质、人员资质及内部制度文件，并通过经办机构的书面或现场评估，不合格者整改后仍不达标者1年内不得再次申请。已定点药店若存在行政处罚未执行、虚假申请等七类情形将永久失去申请资格。

在运营过程中，定点药店必须严格执行医保支付政策与处方药管理规定，凭定点医疗机构开具的处方销售处方药，药师需审核签字并保存处方两年以上，电子处方同样需经合法授权。处方药销售实行专册登记并建立追溯机制，特殊病种用药需按诊疗计划配送。价格制定应符合监管政策，明码标价且禁止虚假宣传或促销手段。药店需配备覆盖支付结算、药品管理及财务监管的信息系统，按时上传购药数据并接受实时监控，未达标者将暂停结算直至整改完成。

医保费用结算遵循“合规优先”原则，经办机构通过智能审核系统核查费用，对违规部分不予支付并追回已付金额，必要时中止协议。药店需配合定期稽核检查，上传参保人购药明细并与系统数据核对，违规费用直接扣除。考核机制将服务质量与费用管理挂钩，考核结果影响续约及保证金退还，优秀单位可获政策倾斜，失信者则面临处罚甚至取消定点资格。

医保协议药店管理制度通过多维度准入限制、动态运营监管与违规严惩机制，形成覆盖事前预防、事中控制到事后追责的全链条防控体系，既提高了医保基金使用效率，也为群众用药安全提供坚实保障，持续优化的管理细则将进一步推动行业规范化发展。