西藏昌都社保基数13100元和5000元的区别主要体现在职工社保缴费金额上，具体如下：
缴费金额差异
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以13100元为基数：
- 每月养老保险个人缴费：13100元 × 8% = 1048元
- 每月医疗保险个人缴费：13100元 × 2% = 262元
- 每月失业保险个人缴费：13100元 × 1% = 131元
- 每月总个人缴费：1048元 + 262元 + 131元 = 1441元
- 年缴费总额：1441元 × 12个月 = 17292元
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以5000元为基数：
- 每月养老保险个人缴费：5000元 × 8% = 400元
- 每月医疗保险个人缴费：5000元 × 2% = 100元
- 每月失业保险个人缴费：5000元 × 1% = 50元
- 每月总个人缴费：400元 + 100元 + 50元 = 550元
- 年缴费总额：550元 × 12个月 = 6600元
缴费比例差异
- 养老保险：单位和个人缴费比例均为8%（个人部分）和20%（单位部分）。
- 医疗保险：单位和个人缴费比例均为10%（单位部分）和2%（个人部分）。
- 失业保险：单位和个人缴费比例均为1%（单位部分）和0.5%（个人部分）。
- 工伤保险和生育保险：均由单位全额承担。
西藏昌都社保基数13100元和5000元的选择会影响到每月及每年的社保缴费金额。选择较高的基数会导致每月和每年的缴费金额增加，但退休后的养老金和医疗保险待遇也会相应提高。具体选择应根据个人经济状况和未来规划来决定。