生育津贴由公司代扣代缴后，需按规定处理与员工工资的关系。以下是具体处理方式及注意事项：
一、处理方式
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与产假工资的关系
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生育津贴高于产假工资 ：公司需全额发放生育津贴，不得克扣或补扣员工工资。
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生育津贴低于产假工资 ：公司需补足差额部分，差额由公司支付。
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发放时间与形式
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生育津贴到账后，公司需在次月工资发放时扣除已代缴的社保、公积金及应发工资，剩余部分支付员工。
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若公司未支付产假工资，生育津贴归员工所有，公司需补发。
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二、法律依据
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《女职工劳动保护特别规定》第七条 ：生育津贴按用人单位上年度职工月平均工资标准发放，高于产假工资时不得克扣。
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《社会保险法》第五十四条 ：用人单位缴纳生育保险后，职工可享受生育津贴，不得截留。
三、维权途径
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投诉举报 ：若公司未按规定处理，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
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法院判决 ：法院明确要求用人单位足额支付生育津贴，低于工资标准需补足差额。
四、注意事项
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账务处理 ：公司需通过代扣代缴社保、公积金后，再根据生育津贴与产假工资的差额调整支付。
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政策差异 ：具体发放形式可能因地区政策不同，建议咨询当地社保机构。
生育津贴的发放需严格遵循法律规定，确保员工权益。若遇公司违规操作，可通过法律途径维护自身权益。