新农合跨市报销与本地报销的主要区别在于报销比例通常较低和办理流程更为复杂。在本地就医，参保人员可以直接享受较高的报销比例，并且结算过程简便快捷；而在异地就医时，不仅需要提前办理转诊备案手续，而且报销比例会根据医院等级和所在地区的不同有所下降。

• 报销比例差异：一般而言，乡镇卫生院的起付线为100元，报销比例可达90%；县级定点医院起付线200元，报销82%；市级定点医院起付线500元，报销65%；省级定点医院起付线700元，报销55%；省外非定点医院起付线1000元，报销45%。可以看出，随着医疗机构级别的提高以及是否为定点医院，报销比例逐渐降低。

• 办理流程繁简不同：本地报销流程相对简单便捷，患者在出院结算时即可直接完成报销。而异地就医则需先进行转诊备案，选择指定的定点医院就医，并保留所有相关票据及证明文件，在出院后带回参合地的新农合管理部门申请报销，整个流程较为繁琐。

• 就医限制有别：本地就医无需特别审批，可自由选择当地定点医疗机构。异地就医特别是跨省就医，则必须事先取得当地合作医疗管理办公室批准，并遵循特定的城市和医院名单进行就诊。

新农合跨市报销虽然提供了方便，但其报销比例低于本地就医，且手续相对复杂。建议参保人员尽量选择在当地就医以获得更高的报销比例和服务便利性。若确有必要异地就医，务必提前了解并确认目的地的具体报销政策和流程。