海南澄迈县社保基数9900元和5000元的区别主要体现在以下几个方面：
缴费金额差异
- 养老保险：以9900元为基数，个人缴费比例为8%，每月缴费约386.4元；以5000元为基数，个人缴费比例为8%，每月缴费约386.4元。
- 医疗保险：以9900元为基数，单位缴费比例为8%，个人缴费比例为2%，每月企业缴费约313.95元，个人缴费约96.6元；以5000元为基数，单位缴费比例为6%左右，个人缴费比例为2%，每月企业缴费约313.95元，个人缴费约96.6元。
- 失业保险：以9900元为基数，单位和个人缴费比例均为0.5%，每月缴费总额分别为24.15元；以5000元为基数，单位和个人缴费比例均为0.5%，每月缴费总额分别为24.15元。
- 工伤保险：以9900元为基数，单位缴费比例为0.1%~0.75%，每月缴费约3.6225元；以5000元为基数，单位缴费比例同样在0.1%~0.75%，每月缴费约3.6225元。
- 生育保险：已并入医疗保险，不再单独缴纳。
医保待遇区别
医保报销上限与缴费基数挂钩。9900元的基数通常对应更高的年度报销限额，例如住院报销比例可能提高5%-10%，且医保个人账户每月入账更多。
养老金积累
养老保险遵循“多缴多得”原则。9900元基数下，个人账户每月存入792元（8%），而5000元仅400元。假设缴费15年，退休时高基数者每月基础养老金约比低基数者多出30%-40%（具体按社平工资计算）。
短期与长期权衡
- 低基数（5000元）：适合当前收入有限的人群，可减轻当月负担；
- 高基数（9900元）：适合收入稳定、注重长期保障者，尤其未来计划在澄迈县退休的人员，能显著提升养老和医疗福利。
总的来说，社保基数越高，每月缴纳的社保费用越多，未来可享受的养老金、医保报销等福利水平也更高，但需结合个人收入合理选择。