第三代社保卡医保扣费方式如下：

一、银行代扣

1. 签约协议转移

   原社保卡金融账户绑定的医保代扣协议需办理迁移手续，需持原社保卡至合作银行办理新卡的签约绑定。

2. 自动扣款流程

   医保费用将自动从新卡金融账户扣除，无需手动操作。需确保新卡金融账户已激活且医保功能绑定。

二、手机APP办理

1. 官方渠道

   通过当地医保部门指定的官方APP（如“掌上医保”“城市服务”等），绑定社保卡后可实现医保查询、费用支付等操作。

2. 银行APP

   部分银行APP（如工商银行、农业银行等）支持绑定社保卡，可进行医保个人账户资金划扣。

三、自助终端操作

1. 医院/药店

   在定点医疗机构或药店，可通过自助终端直接使用社保卡完成医保支付，系统自动识别并扣除医保账户余额。

2. 社保服务大厅

   持卡人可到社保局或银行网点，在自助缴费终端办理医保费用扣除。

四、其他注意事项

1. 密码管理

   医保支付需输入社保卡密码（卡PIN码），与银行账户密码区分。

2. 功能切换

   原二代社保卡医保功能自动停用，新卡启用后自动激活原卡医保账户余额。

3. 特殊情况处理

   若未及时迁移协议，可能影响后续医保结算，建议办理后30个工作日内完成迁移。

以上方式需根据当地政策及银行规定办理，建议办理前咨询当地社保部门或合作银行确认具体流程。