不会
社保不会从生育津贴中扣除。根据相关法律法规和搜索结果，具体说明如下：
一、生育津贴的发放原则
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与工资的关系
生育津贴是用人单位依法支付给女职工的生育期间生活费用补贴，属于工资的组成部分。由于女职工在产假期间未实际工作，用人单位无需发放工资，生育津贴则替代了工资的支付功能。
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与社保的关系
生育津贴的发放与社保缴纳无直接关联。无论是否缴纳社保，生育津贴均独立于社保待遇。
二、社保缴纳与生育津贴的衔接
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个人缴费部分处理
若用人单位为女职工缴纳了生育保险，个人缴费部分由用人单位代扣代缴，与生育津贴并行不悖。若单位因资金问题无法承担个人缴费部分，女职工需主动补缴。
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未参保的处理方式
若单位未参加生育保险，生育津贴由用人单位按女职工产假前工资标准支付。
三、特殊情况说明
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生育津贴与工资的差额处理
若生育津贴低于女职工产假前工资，差额部分由用人单位补足；若生育津贴高于产假前工资，超出部分不计入工资薪金所得，无需缴纳个人所得税。
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社保缴纳异常的影响
若单位未按时足额缴纳生育保险，可能影响生育津贴的发放金额或时间，但社保费用本身不会从生育津贴中扣除。
四、法律依据
相关法律规定明确生育津贴由生育保险基金或用人单位支付，与社保缴费无直接关联。例如，《女职工劳动保护特别规定》第八条规定，生育津贴按用人单位上年度职工月平均工资标准支付。
社保不会从生育津贴中扣除，两者分属不同保障范畴，需注意区分。