北京协和医院分为东院和西院两个院区，两者在科室设置、医疗水平、地理位置和医疗服务特色等方面存在一定区别：
科室设置
- 东院：大部分科室都在东院（东单），包括风湿免疫科、妇科、肾内科、骨科等。东院的科室设置较为全面，涵盖了大多数常见疾病的诊疗需求，特别是在心血管病、肿瘤和神经病学等领域具有较强的实力。
- 西院：主要以免疫内科、乳腺外科和整形外科为主，此外还有神经内科、神经外科、心理科等特色科室。西院的科室设置主要集中在免疫、乳腺和整形外科等领域，这些科室在西院具有较强的专业优势和特色。
医疗水平
- 东院：作为老协和医院，医疗水平高，拥有多位全国知名的专家。东院在疑难重症的诊治方面具有较高的水平。
- 西院：虽然由老邮电医院合并而来，但在协和医院的支援下，医疗水平也在不断提升。尽管西院的整体医疗水平仍不如东院，但通过协和专家的支援和不断的医疗资源投入，西院的医疗水平已经有了显著提升。
地理位置和交通便利性
- 东院：位于北京市东城区帅府园1号，毗邻天安门广场和故宫博物院，交通便利。东院的地理位置使其成为许多患者就医的首选，特别是对于需要频繁出入政务区的患者。
- 西院：位于北京市西城区大木仓胡同41号，毗邻颐和园和北海公园，环境优美。西院的优美环境也为患者提供了一个舒适的就医环境，特别是对于需要静养的患者。
医疗服务特色
- 东院：注重中西医结合，开展中医诊疗和中药治疗。东院的医疗服务特色在于其中西医结合的治疗方式，能够为患者提供更为全面和多样化的治疗方案。
- 西院：以神经内科为特色，擅长神经系统疾病的诊断和治疗。西院的医疗服务特色在于其神经内科的强势，能够为神经系统疾病患者提供高水平的诊疗服务。
北京协和医院东院和西院在科室分布、医疗水平、地理位置和交通便利性等方面存在一定区别。东院以综合性医疗服务为主，而西院则在特色专科领域表现突出。患者可根据自身需求选择合适的院区就诊。