农村合作医疗个人账户的资金 不会 在年底清零，具体说明如下：
一、个人账户性质与资金流向
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个人账户独立性
农村合作医疗实行个人账户与统筹基金分离的制度设计，个人账户资金属于参保人员个人所有，与统筹基金独立运作。
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资金积累与滚存机制
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若当年个人账户有剩余，资金可结转到下一年度继续使用。
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若连续两年未缴费，则个人账户将终止，次年需重新参保并建立新账户。
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二、与城镇医保的差异
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城镇职工医保
城镇职工医保设有个人账户，但属于强制储蓄性质， 不实行年度清零 ，资金可长期累积使用。
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新农合的年度结算特点
新农合按年度结算，未使用的个人账户资金可滚存至下一年度，但存在以下限制：
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若连续两年未缴费，次年需补缴才能恢复医保待遇。
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个人账户仅限门诊统筹费用报销，重大疾病等大额支出需通过统筹基金支付。
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三、缴费与待遇保障
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缴费时间与待遇生效
新农合每年1月1日生效，当年缴纳的费用仅覆盖当年度医疗费用，次年1月1日前产生的费用需次年缴费后报销。
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断缴影响
若中断缴费，次年需补缴才能恢复医保待遇，但个人账户不会自动清零（需补缴后重新建立）。
总结
农村合作医疗个人账户资金具有 非年度清零、可滚存 的特点，但存在缴费中断导致的账户终止风险。建议参保人员按时缴费，避免影响医疗保障权益。