合作医疗卡丢失后，医疗费用仍然可以报销，但需要按照以下步骤操作：
一、挂失与补卡
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挂失 ：立即通过医保中心或村委会开具丢失证明进行挂失，防止他人冒用。
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补卡 ：
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携带身份证、户口簿等有效证件到邻近区县医保中心申请补卡，部分服务点可现场办理；
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若委托他人办理，需提供代办人身份证明，办理时间通常为3个工作日。
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二、医疗费用报销流程
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垫付医疗费用 ：补卡期间就医可先行垫付费用，避免影响治疗。
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提交报销材料 ：
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携带新卡或临时医保凭证、住院病历、费用清单、缴费凭证等材料到医保中心报销；
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不同地区对材料要求可能略有差异，建议提前咨询当地医保部门。
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三、注意事项
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报销标准 ：报销比例和限额按当地政策执行，与医保类型（如新农合、城医保）相关；
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时间要求 ：补卡后需在规定的医保缴费期内（一般为12个月）申请报销，逾期可能影响待遇。
四、法律依据
根据《中华人民共和国社会保险法》第二十六条规定，社保卡丢失不影响报销资格，但需及时补卡并提交完整材料。部分地区可能要求提供村委会丢失证明等辅助材料。
建议办理补卡后，通过医保官方APP或公众号查询账户状态，确保新卡启用后正常使用。