卡氏肺囊虫肺炎的治疗药物选择需要根据患者的具体情况和病情严重程度来确定，并不存在绝对“最管用”的药物。以下是一些常用的治疗药物：

复方磺胺甲恶唑

1. 作用机制：复方磺胺甲恶唑是磺胺类药物与抗菌增效剂的复合制剂，对卡氏肺孢子虫有较强的抗菌活性，可抑制其生长繁殖。

2. 用法用量：通常口服或静脉滴注，具体剂量需根据患者的体重、年龄及病情等因素调整。一般成人初始剂量较大，随着病情好转逐渐减量，总疗程一般为2-3周。

3. 注意事项：部分患者可能对磺胺类药物过敏，出现皮疹、瘙痒等不良反应；还可能引起肝肾功能损害，用药期间需监测肝肾功能。

克林霉素加伯氨喹

1. 作用机制：克林霉素是一种抗生素，可抑制细菌蛋白质合成；伯氨喹则能杀灭疟原虫等多种原虫，二者联合应用可增强对卡氏肺孢子虫的杀灭作用。

2. 用法用量：克林霉素一般口服给药，伯氨喹也有口服剂型，但具体剂量需严格遵医嘱，根据患者的耐受情况和病情进行调整。

3. 注意事项：克林霉素可能会引起胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻等；伯氨喹可能导致粒细胞减少、巨细胞性贫血等不良反应，用药期间需定期检查血常规等指标。

阿托伐醌

1. 作用机制：阿托伐醌属于羟萘醌类抗感染药物，能够干扰卡氏肺孢子虫的线粒体呼吸链，从而发挥抗虫作用。

2. 用法用量：一般口服给药，具体剂量根据患者的体重等因素确定。

3. 注意事项：常见的不良反应包括腹泻、头痛、恶心、皮疹等，少数患者可能出现肝功能异常，长期使用需关注视网膜病变等风险。

其他药物

1. 卡泊芬净：棘白菌类抗菌药物，对肺孢子菌效果较好，可用于对磺胺类药物过敏或耐药的患者。

2. 糖皮质激素：如泼尼松龙等，在患者出现严重低氧血症时短期使用，可减轻炎症反应，降低病死率。但需注意糖皮质激素的使用可能会带来一些副作用，如免疫抑制、血糖升高等，应在医生的指导下合理使用。

卡氏肺囊虫肺炎的治疗需要综合考虑患者的具体情况和病情严重程度，选择合适的药物进行治疗。同时，患者在治疗过程中应密切监测病情变化和药物不良反应，及时调整治疗方案。