伊犁州的三甲医院包括以下几家：
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新疆生产建设兵团第四师医院：位于伊宁市新华西路56号，是一所学科齐全、设备完善、技术力量雄厚的现代化“三级甲等医院”，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体。
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伊犁哈萨克自治州友谊医院：始建于1936年，现为国家三级甲等医院和爱婴医院，新疆医科大学教学医院、自治区十佳医院和自治区级文明单位，集医疗、科研、教学和预防保健为一体。
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伊犁哈萨克自治州妇幼保健院：组建于1987年，2007年挂牌伊犁州妇产医院，为伊犁州产前、新生儿疾病、宫颈癌、乳腺癌四大筛查中心。
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伊犁哈萨克自治州中医医院：位于伊宁市经济合作开发区健康街2号，是集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的三级甲等中医医院。
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伊犁哈萨克自治州奎屯医院：始建于1949年12月，是集医疗、科研、教学、预防保健、精神卫生、急救为一体的国家三级甲等综合医院。
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伊犁哈萨克自治州新华医院：是一所集医疗、教学、科研、预防、康复于一体的国家级三级综合医院，爱婴医院、北疆唯一一家“微笑列车”唇腭裂修复慈善项目定点医院，自治区包虫病外科手术定点医院，自治区人民医院“医疗集团联合体”合作单位。
以上医院在伊犁州乃至整个新疆地区都具有较高的医疗水平和影响力，为当地居民提供了优质的医疗服务。