伊犁哈萨克自治州拥有多家三甲医院，这些医院在医疗服务、技术力量、设备设施等方面均达到了较高水平。以下是伊犁地区主要的三甲医院：
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新疆生产建设兵团第四师医院：位于伊宁市新华西路56号，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的现代化“三级甲等医院”。
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伊犁哈萨克自治州友谊医院：始建于1936年，位于伊宁市斯大林街92号，是集医疗、科研、教学和预防保健为一体的地、州级医院，现为国家三级甲等医院和爱婴医院。
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伊犁哈萨克自治州妇幼保健院：组建于1987年，位于伊宁市经济合作区四川路469号，是伊犁州产前、新生儿疾病、宫颈癌、乳腺癌四大筛查中心。
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伊犁哈萨克自治州中医医院：位于伊宁市经济合作开发区健康街2号，是一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的三级甲等中医医院。
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伊犁哈萨克自治州奎屯医院：始建于1949年12月，位于奎屯市塔城街32号，是一所集医疗、科研、教学、预防保健、精神卫生、急救为一体的国家三级甲等综合医院。
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伊犁哈萨克自治州新华医院：位于伊宁市兴业路316号，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复于一体的国家级三级综合医院。
伊犁哈萨克自治州共有6家三甲医院，这些医院为伊犁地区的医疗卫生事业做出了重要贡献。