根据社会保险的缴费机制和相关政策，社保和医保的关系及扣款规则如下：

一、社保与医保的包含关系

社保是一个广义的术语，包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险五大险种。其中，医疗保险是社保的重要组成部分，属于强制性的社会医疗保险制度。因此， 社保扣款中必然包含医保扣款 ，不存在“只扣医保不扣社保”的情况。

二、可能出现的“只扣医保不扣社保”原因

1. 缴费基数或账户余额不足

   若参保人当月缴费基数调整后账户余额不足，可能导致后续险种（如医保）无法扣款。例如，灵活就业人员若连续三个月未缴社保，可能因账户余额不足导致医保扣款失败。

2. 部门职能调整或手续不全

   部分情况下，可能因社保与医保部门职能调整（如2020年机构改革）导致代扣流程变化。若未办理医保代缴手续或银行代扣协议未生效，可能出现医保扣款失败。

3. 系统或操作问题

   扣款失败可能是由于银行系统延迟、账户信息错误或操作失误导致。

三、建议与注意事项

• 核对缴费信息 ：定期检查银行账户余额及缴费基数，确保与社保部门记录一致。

• 完善代扣手续 ：办理社保和医保代扣时，需同时签署银行代扣协议，并确保账户状态正常。

• 关注部门通知 ：若连续扣款失败，建议联系社保或医保部门咨询原因。

综上，社保扣款中必然包含医保部分，若出现“只扣医保不扣社保”的情况，建议从账户余额、手续完整性及系统状态等方面排查问题。