巴氏杀菌和高温杀菌各有特点，不能简单地说哪个绝对更好，以下是对两者的多方面比较：
一、杀菌效果
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巴氏杀菌：一般采用62-65℃保持30分钟或75-90℃保温15-16秒等方式。能杀死食品中的绝大部分有害微生物，包括常见的细菌、酵母菌等，但对于一些耐热性较强的芽孢杆菌等可能无法完全杀灭。
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高温杀菌：通常温度在100℃以上，甚至更高，如121℃等。能更彻底地杀灭各种微生物，包括细菌、病毒、芽孢等，杀菌效果更为可靠，可达到商业无菌的要求，使食品在常温下也能长时间保存。
二、营养与风味
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巴氏杀菌：由于杀菌温度相对较低，对食品中的营养成分破坏较小，能较好地保留食品的原有营养成分、天然风味和口感，处理后的食品更接近原生状态，如巴氏杀菌奶的口感和营养价值相对较高。
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高温杀菌：高温可能会破坏食品中的一些热敏感营养素，如维生素C、部分B族维生素等，导致营养成分有一定损失。也可能会使食品的风味发生较大变化，产生熟奶味、蒸煮味等，影响口感。
三、适用范围
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巴氏杀菌：适用于牛奶、酸奶、啤酒、葡萄酒、果汁等液体食品，以及一些对口感和营养要求较高的食品，如生鲜牛奶经过巴氏杀菌后，既能保证安全，又能保留其新鲜口感和大部分营养成分。
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高温杀菌：除了适用于罐头食品外，还可用于酱料、调味品等需要长期保存且对口感要求不高的食品，以及一些需要彻底灭菌的医疗用品、实验室器材等非食品领域。
四、保质期与储存条件
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巴氏杀菌：杀菌后的食品保质期相对较短，一般为几天到几周不等，且需要在低温下冷藏保存，以抑制残留微生物的生长繁殖。
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高温杀菌：经过高温杀菌的食品保质期较长，可在常温下保存数月甚至更长时间，无需冷藏，便于运输和长期储存。
如果注重食品的营养、口感和较短时间的保存，巴氏杀菌是较好的选择；如果追求更长的保质期和绝对的安全，不介意一定的营养损失和口感变化，则高温杀菌更为合适。在实际应用中，需要根据食品的种类、特性和具体的使用需求来综合考虑选择哪种杀菌方式。