农村合作医疗在非定点医院是否可以报销，需根据具体情况判断，具体规则如下：

一、报销条件与比例

1. 可报销情形

   若在非定点医院就医，但当地已建立异地就医结算机制，则可申请报销（需符合当地政策）。

   • 起付线标准 ：通常为1000元（具体以参保地政策为准）。

   • 报销比例 ：一般为45%-65%，具体因地区而异。

2. 不可报销情形

   • 非定点医院门诊费用（特殊病种门诊除外）；

   • 非定点医院住院费用（需在定点医院就医）；

   • 违反计划生育政策的医疗费用、自购药品、美容整容等非医保目录项目。

二、报销流程

1. 备案手续

   入院后需在5日内将住院通知传真至参保地合管办备案。

2. 材料准备

   携带身份证、新农合医疗证、转诊备案手续、医疗费用清单等材料。

3. 报销申请

   在转诊医院办理住院手续时同步提交报销申请，或出院后回参保地报销。

三、地区政策差异

不同省份、城市对异地报销政策有具体规定，例如：

• 起付线与比例 ：如乡镇卫生院100元起付线90%报销，县级200元82%报销，市级500元65%报销，省级700元55%报销；

• 报销限额 ：每年门诊最高报销150元（部分地区仅限村卫生室和乡镇卫生院）。

四、注意事项

1. 尽量选择医保定点医疗机构就医，可提高报销比例或免予起付线；

2. 突发情况可先垫付医疗费用，回参保地报销；

3. 若医疗费用超过当地年度最高报销限额，需自费。

建议参保前咨询当地医保部门，了解具体政策细节，以优化报销流程。