吉林省新农合报销流程如下：
- 本地就医报销流程 ：
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门诊报销 ：
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携带资料：门诊发票、合作医疗证历本（或病历）。
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办理流程：将资料交村（社区）合作医疗联络员，由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员，再由镇联络员送区农医办结报中心进行报销。
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住院报销 ：
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携带资料：住院发票、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。
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办理流程：医院直接报账，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账；或者报账材料由个人拿到新型农村合作医疗办公室，由镇农医办呈报县农医办报账之后，由镇农医办电话通知前来领取报销费用。
- 异地就医报销流程 ：
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转诊备案手续 ：
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携带资料：患者身份证（或户口本）、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到参合地经办机构办理转诊备案手续，也可以致电办理。
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住院治疗 ：
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携带资料：患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续。
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出院报销 ：
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携带资料：患者本人身份证（或户口本）、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单、住院费用清单、转诊备案手续到参合地经办机构报销。报销时间为10个工作日内。
- 其他特殊报销流程 ：
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特殊病种门诊报销 ：
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携带资料：门诊发票、特殊病种合作医疗证历本、相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》。
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办理流程：向新农合业管中心提出申请，经过审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合的报销范围。
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意外伤害报销 ：
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携带资料：意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录。
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办理流程：提交资料后，新农合窗口受理，经过新农合业管中心稽查人员的调查和审核，情况属实后予以报销。
建议在办理新农合报销时，确保所有资料齐全，并按照规定的流程逐步进行，以确保报销过程顺利进行。