医保断缴超过三个月的补缴方式和流程如下：
1. 单位补缴
如果医保断缴是由于单位原因导致的，单位需要向社保局提交补缴申请，并缴纳欠费及可能产生的滞纳金4。
2. 个人补缴
如果医保断缴是由于个人原因（如离职）导致的，个人需要以灵活就业身份补缴4。具体操作如下：
携带材料
- 本人身份证6
- 《职工养老保险手册》（如果有）6
- 医疗保险证、卡6
补缴流程
- 前往当地医保局社保中心：携带上述材料前往当地医保局社保中心，办理补缴手续4。
- 选择线上补缴方式：部分地区支持通过社保官网、APP等线上方式进行补缴4。
- 计算补缴金额：补缴金额需根据断交月份、缴费基数和缴费比例计算4。
3. 城乡居民医保
城乡居民医保通常按年度参保缴费，若断缴超过三个月，可能无法补缴过往年份费用，只能等待下一年度集中缴费期重新参保4。但部分地区可能允许补缴，并设置一定的等待期后才能享受医保待遇4。
4. 补缴后的影响
- 医保待遇：补缴后，连续缴纳时间将重新计算，可能无法立即享受到与连续缴纳相同的医保待遇4。
- 等待期：部分地区可能对补缴时效有更为严格的规定，超过一定期限可能无法补缴，需重新参保4。
- 滞纳金：补缴时可能需要缴纳欠费及滞纳金，具体比例以当地规定为准4。
5. 寻求专业帮助
若医保断缴时间过长，且未及时补缴，导致无法享受医保待遇，应及时寻求专业人士的帮助，了解具体的补缴政策和流程，以确保自己的医保权益得到保障4。
6. 社保代理机构
如果个人觉得办理手续繁琐或不了解具体流程，可以选择通过社保代理机构进行补缴，但需注意支付一定的服务费用4。
请注意，以上信息基于目前的法律法规和政策规定，具体操作流程和要求可能因地区而异，建议在办理前咨询当地社保局或专业人士以获取准确信息。