关于“重庆最好的肛肠医院是哪家”的问题，由于“最好”这一评价标准涉及多个方面，包括医疗技术、服务质量、患者口碑等，因此很难给出一个绝对的答案。不过，根据公开发布的信息和患者反馈，以下是一些在重庆地区享有较高声誉的肛肠医院：
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陆军军医大学第一附属医院普外科：该科室集医疗、科研和人才培养为一体，是国内知名的普通外科之一，拥有微创胃肠外科中心、肿瘤生物治疗研究中心、微创疝修补诊疗中心、肛肠疾病诊疗中心等，治疗质量高，并发症少，疗效居国内先进水平。
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陆军军医大学新桥医院普通外科：作为集医疗、教学、科研和高层次专业人才培养为一体的重点学科，其临床诊治水平达国内先进水平，部分项目达国内领先水平。在肠黏膜屏障功能和外科营养的研究方面更是达国际领先水平。
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重庆大坪医院普外科：实力强大，拥有先进的医疗设备，如Olympus电子结肠镜、Giotto乳腺数字化高频X光机、超声刀等。该科室经验丰富、技术精湛，已经获得了省部级二等奖以上奖励4项。
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重庆医科大学附属第二医院胃肠肛肠外科：作为重庆医科大学第二临床学院重点学科，专注于胃肠消化外科各种疾病的诊断与治疗，尤其在胃肠道、肛门直肠手术及消化道肿瘤的微创治疗方面处于领先水平。
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重庆市第九人民医院肛肠科：作为重庆北部地区唯一集医疗、科研、教学为一体的大型综合三甲医院肛肠专科，是重庆市区域医学重点学科（普外科）、重庆市中医药重点学科（培育）。该科室核心技术包括选择性痔上黏膜切除术（TST）、自动痔疮套扎术（RPH）等，为患者提供全方位的肛肠治疗服务。
还有如重庆医科大学附属第一医院、重庆市第一人民医院、重庆市肛肠医院等也是在肛肠疾病治疗方面享有较高声誉的医院。这些医院都拥有专业的肛肠外科专家团队和先进的诊疗设备，能够为患者提供优质的医疗服务。
请注意，以上推荐仅供参考，具体选择哪家医院还需根据患者的实际情况和需求来决定。建议患者在就医前咨询相关医院或医生，了解医院的具体情况和治疗方案。