合作医疗报销比例在县医院的计算方法因地区而异，以下是一些常见的计算方式：
按费用段分级补偿
- 某省示例：住院医药费用起付线为 300 元，即 300 元以下不予补偿。301 至 1000 元补偿比为 40%，1001 至 2000 元补偿比为 45%，2001 至 5000 元补偿比为 50%，5001 元以上补偿比为 55%。例如，一位参合农民在家务农不幸脑外伤在县人民医院住院治疗花费 10000 元，剔除未进入补偿范围的费用 500 元，实际参与补偿的医药费为 10000 - 500 = 9500 元。总补偿金额计算方式为：(1000 - 300)×40% = 280 元，(2000 - 1000)×45% = 450 元，(5000 - 2000)×50% = 1500 元，(9500 - 5000)×55% = 2475 元。该参合农民总补偿额为 280 + 450 + 1500 + 2475 = 4705 元。
按固定比例补偿
- 部分地区：住院费用在起付线以上的部分，按固定比例报销。如某县规定，县级医院住院报销比例为 65%，起付线为 500 元。若患者住院花费 3000 元，剔除起付线后可报销金额为 (3000 - 500)×65% = 1625 元。
分段设置不同比例和起付线
- 霍山县：县内县级医疗机构补偿比例为 85%，起付线根据具体情况确定。国家基本药物、安徽省基药补充药品、新农合药品目录内中药（含有批准文号的中药制剂）、新农合诊疗项目目录内中医诊疗项目的报销比例，在上述比例基础上增加 10 个百分点。若有保底补偿情况，按相应规定执行。例如，住院费用在 5 万元以下段，保底补偿比例为 45%。若按正常补偿计算所得金额低于保底补偿金额，则按保底补偿方式计算。
按医疗机构级别和费用范围综合计算
- 部分地区：县级定点医疗机构医疗费报销比例为，500 元以下的，报销 25%；500 元（不含）以上 10000 元以下的，报销 65%；10000 元（不含）以上的，报销 50%。
一些特殊情况也会影响报销比例，如参加妇幼保健保偿的孕产妇、特定慢性病患者等，会按照相应的特殊政策进行报销。具体的计算方法和报销比例请以当地的合作医疗政策为准。