在南京寻找治疗非典型分枝杆菌性巩膜炎的最佳医院时，南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院和东南大学附属中大医院因其卓越的医疗技术和丰富的临床经验而名列前茅。这些医院不仅拥有高水平的专业眼科团队，还配备了先进的诊疗设备，确保患者能够获得最优质的医疗服务。

一、南京医科大学第一附属医院以其全国综合排名22位的实力，在感染病科领域有着深厚的积累，特别是在处理复杂病例方面经验丰富。该医院的专家团队擅长诊断与治疗各种眼部疾病，并且对非典型分枝杆菌性巩膜炎有深入研究。

二、南京鼓楼医院作为一家历史悠久且享有盛誉的医疗机构，其眼科同样在全国范围内具有较高的知名度。医院注重科研与临床实践相结合，为患者提供个性化的治疗方案，尤其是在疑难杂症的诊治上表现突出。

三、东南大学附属中大医院凭借其强大的综合实力及多学科协作的优势，为患者提供了全方位的医疗服务。这里的医生团队不仅专业技能过硬，而且在服务态度上也备受好评，致力于为每一位患者制定最适合的治疗计划。

当考虑南京治疗非典型分枝杆菌性巩膜炎的医院时，上述三家医院无疑是优先选择的对象。每家医院都有其独特的优势，建议根据个人具体情况选择最适合自己的医疗机构进行咨询和治疗。考虑到病情特殊性，提前预约专家门诊可以获得更专业的指导和服务。