在招标过程中，如果出现三家投标单位中有两家被废标的情况，根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例的规定，这样的情况下通常不能继续进行评标或确定中标人。具体来说：
当有效投标的供应商不足三家时，按照法律规定，这样的情况应当被视为不符合开标的基本条件之一，即投标人少于三个的情况下不得开标。因此，在这种情况下，原定的招标活动应当视为无效，并需要重新组织招标。
《评标委员会和评标方法暂行规定》也指出，“否决不合格投标或者界定为废标后，因有效投标不足三个使得投标明显缺乏竞争的，评标委员会可以否决全部投标。” 这意味着即使有两家投标被废标而只剩下一家有效的投标单位，也不能仅凭这一家单位来决定中标结果，因为这将导致缺乏必要的市场竞争性。
值得注意的是，虽然在某些特殊情况下，如邀请招标中可能会有不同的处理方式，但在公开招标中，一旦出现上述情形，则必须遵守相关的法律条款。例如，对于国有资金占控股或主导地位且依法必须进行招标的项目，如果排名第一的中标候选人放弃中标或其他原因无法成为中标人，招标人可以选择其他中标候选人作为中标人，也可以选择重新招标。
在您提到的情景下，即三家投标单位中有两家被废标的情形下，招标活动是不成立的，除非存在特定的理由并且得到了相应级别政府财政部门的批准，否则应按照法律规定重新启动招标程序。
为了确保公平、公正及透明度，避免不必要的争议和经济损失，建议严格按照法律法规执行相关流程。同时，在准备招标文件时，应尽可能详尽地列出所有要求，以减少因技术性错误导致的废标现象。这样做不仅有助于提高招投标效率，还能维护各参与方的利益，促进市场的健康发展。
当三家投标单位中有两家被废标时，剩下的那一家投标单位不足以构成一个有效的竞争环境，因此不能简单地基于剩余的一家投标来进行评标或授予合同。正确的做法是遵循法律规定，宣布此次招标无效，并启动新的招标过程。这不仅是对法律规定的尊重，也是保障所有潜在投标人权益的重要步骤。
