湖北农村合作医疗和慢性病补助存在多方面区别，具体如下：
一、保障对象
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湖北农村合作医疗：主要覆盖湖北省农村户籍的居民，旨在为广大农民提供基本医疗保障，减轻其因病带来的经济负担。
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慢性病补助：主要针对患有特定慢性病的人群，包括参加职工医疗保险的企业、机关事业单位职工、灵活就业个体参保人等，以及参加城乡居民基本医疗保险的农村居民等。
二、保障范围
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湖北农村合作医疗：提供较为全面的医疗保障，包括门诊统筹、住院统筹以及大病保险等，涵盖了常见疾病、意外伤害等各类医疗费用的报销。
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慢性病补助：专注于慢性病的治疗和费用报销，通常对纳入补助范围的慢性病种，在门诊治疗、购药等方面产生的符合规定的费用给予一定比例或额度的补助。
三、报销比例与限额
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湖北农村合作医疗：不同级别医疗机构的报销比例有所差异，门诊和住院均设有起付线、封顶线等限制。如村卫生室及村中心卫生室就诊报销比例相对较低，镇卫生院、二级医院、三级医院的报销比例依次递减，且每次就诊的各项费用均有相应限额。
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慢性病补助：根据不同慢性病种、医疗机构级别等设定不同的报销比例和限额。如在定点社区卫生服务机构慢性病起付标准为200元，一级医院起付标准为200元，二级医院起付标准为400元；超过起付标准后，门诊统筹基金可能支付50%左右，具体比例因地区政策而异，并设有年度最高支付限额。
四、申请与审批流程
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湖北农村合作医疗：一般由村民自愿参加，以家庭为单位进行缴费登记，每年集中办理参合手续。在就医报销时，需携带相关证件和医疗费用票据等，到指定的医疗机构或医保部门办理报销手续。
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慢性病补助：通常需要患者先进行慢性病鉴定，符合条件的才能享受补助待遇。鉴定过程一般需提交相关的病历资料、检查报告等，经医保部门指定的医疗机构或专家评审通过后，方可纳入慢性病补助范围，之后在规定的时间、机构内享受相应的补助待遇。
湖北农村合作医疗是面向农村居民的基本医疗保障制度，而慢性病补助则是在此基础上，针对慢性病患者的一种特殊保障措施，二者相互补充，共同为民众的健康和医疗保障提供支持。