新疆治疗巨细胞病毒性葡萄膜炎的医院中，以下几家医院排名靠前：
新疆医科大学第二附属医院
- 张金莎主任医师：擅长眼科各种病症的诊治，包括视网膜病变、干眼症、交感性眼炎、夜盲症、弱视、散光、沙眼、白内障、糖尿病视网膜病变、结膜炎、老花眼、色盲、虹膜异色症、视网膜色素变性、视网膜中央动脉阻塞、眼外伤等疾病的诊治；眼科疑难病诊疗，如眼科显微外科技术。
- 霍继光主任医师：擅长眼科各种疑难杂病的诊治，包括上述提到的眼科疾病。
- 朱英主任医师：擅长眼科各种常见病、多发病的诊治，尤其是近视、弱视、青光眼、白内障、玻璃体病变、视网膜病变、视盘病变、脉络膜病变、眼外伤的诊治。
- 侯加加副主任医师：擅长眼外伤、泪道疾病、青光眼、视网膜病变、干眼症、交感性眼炎、夜盲症、弱视、散光、沙眼、白内障、糖尿病视网膜病变等眼科疾病的诊治；眼内异物定位与摘除、眼部美容。
伊犁哈萨克自治州友谊医院
- 李勤主任医师：擅长常见眼科疾病的诊断和治疗，如青光眼、白内障、眼底出血、眼外伤、干眼症、眼内异物等。
- 胡雁汀副主任医师：擅长常见眼科疾病的诊断和治疗，如上述提到的眼科疾病。
- 王婉丽副主任医师：擅长眼科常见病多发病的诊断和治疗，如眼表疾病、角膜病、干眼病、眼外伤、白内障、各种类型青光眼、眼底疾病以及小儿斜弱视。
以上信息仅供参考，具体排名可能会因时间变化或医院政策调整而有所不同。建议您在选择医院和医生时，结合自己的健康需求，进行详细的了解和咨询。