在新疆铁门关地区，治疗真菌性角膜炎较好的医院主要有以下几家：
新疆医科大学第一附属医院
- 医院简介：新疆医科大学第一附属医院始建于1956年，是国家第一个五年计划中156个重点建设项目之一。经过几代人的不懈努力，已逐步发展成为一所集医疗、教学、科研、预防和管理为一体的大型综合性研究型医院，是自治区最大的“三级甲等综合医院”之一。
- 专业特长：真菌性角膜炎属于眼科疾病，新医大一附院在疾病治疗方面有着丰富的经验，医疗设施齐全。
乌鲁木齐市友谊医院
- 医院简介：乌鲁木齐市友谊医院（乌市第三人民医院）创建于1948年，迄今已有59年历史。医院始终坚持“病人至上，质量第一”、“一切以病人为中心”的办院宗旨。
- 专业特长：拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备，在眼科疾病治疗方面有良好的口碑。
石河子大学医学院第一附属医院
- 医院简介：石河子大学医学院第一附属医院始建于1949年，经过几代人的艰苦创业，从建院初期几十名医务人员发展成拥有29位国务院特殊津贴专家的综合性“三甲”医院。
- 专业特长：医院在多个临床重点专科方面有较强的实力，包括眼科疾病的治疗。
喀什地区第一人民医院
- 医院简介：喀什地区第一人民医院成立于1934年，是南疆最早的三级甲等综合医院。医院拥有多种现代化先进医疗检查设备，如PET-CT，可满足患者各类检查需求。
- 专业特长：综合实力在全疆综合医院中排名第三，地州医院中排名第一，是南疆区域医疗中心。
以上医院均在治疗真菌性角膜炎方面具有较高的专业水平和丰富的临床经验，您可以根据自己的实际情况和地理位置选择合适的医院进行就诊。建议您在就诊前通过电话或医院官网确认医生的排班和诊疗方案。