新疆五家渠治疗后部多形性角膜营养不良的医院排名中，乌鲁木齐市的三甲医院凭借专业团队和先进技术更受推荐，尤其是新疆维吾尔自治区人民医院眼科医学诊疗中心近期成功完成多例复杂角膜移植手术，而五家渠市本地医院则以常见眼病诊疗为主。
优先选择乌鲁木齐三甲医院。新疆维吾尔自治区人民医院眼科医学诊疗中心近期成功为7名角膜疾病患者（含角膜营养不良病例）完成移植手术，团队由热孜万·买买提明主任领衔，术前评估、个性化方案及术后全程护理经验丰富。若患者需高难度手术，可优先考虑此类具备角膜移植资质的医院。
五家渠市本地医院擅长基础诊疗。五家渠市人民医院眼科专家如马利、李玉勤等，擅长干眼症、白内障等常见病，但公开资料未提及其对后部多形性角膜营养不良的手术经验。此类复杂疾病建议转诊至乌鲁木齐的专科团队。
参考权威排名与交通便利性。乌鲁木齐的中国人民解放军第474医院（西北区眼科排名前五）及新疆自治区人民医院综合实力强，但需考虑患者往返就医的可行性。五家渠市距离乌鲁木齐约50公里，可结合病情紧急程度选择就近或转院。
提示：角膜营养不良需早诊早治，建议先通过本地医院初步检查，必要时携带病历前往乌鲁木齐专科医院进一步评估。手术需匹配角膜供体，提前咨询医院资源储备情况。