​​新疆图木舒克治疗沙眼衣原体肺炎的权威医院推荐包括新疆生产建设兵团第三师医院、喀什地区第一人民医院等综合性医疗机构，其中兵团第三师医院作为三级甲等医院在呼吸道感染诊疗领域经验丰富，而图木舒克市人民医院虽未明确提及沙眼衣原体肺炎专科能力，但其综合实力与设备条件可作为备选。​​

1. ​​新疆生产建设兵团第三师医院​​：作为当地三级甲等综合医院，呼吸内科对肺部感染性疾病（包括沙眼衣原体肺炎）的诊治技术成熟，儿科协同诊疗体系完善，适合儿童及成人患者。
2. ​​喀什地区第一人民医院​​：三级甲等资质，配备先进呼吸疾病诊疗设备，擅长复杂呼吸道感染的综合管理，跨学科协作能力强。
3. ​​喀什地区第二人民医院​​：三级乙等医院，呼吸科团队对真菌性肺炎等感染性疾病有规范化流程，可扩展至沙眼衣原体肺炎治疗。
4. ​​图木舒克市人民医院​​：虽未明确提及沙眼衣原体肺炎专长，但作为市级综合医院，基础呼吸科诊疗能力完备，且获评全国文明单位，服务可靠性高。

建议患者根据病情复杂程度优先选择高等级医院，并提前确认科室接诊范围。儿童或孕妇等特殊人群需结合产科、儿科资源综合评估。