在南京，有多所医院在牙齿矫正方面颇具实力，以下是一些比较推荐的医院：
- 南京市口腔医院
- 医院简介：南京大学医学院附属口腔医院暨南京市口腔医院，创建于 1947 年，是一所以临床口腔医学为优势，医疗、教学、科研、预防并重的大型三级甲等口腔医院。
- 正畸科实力：口腔正畸科成立于上世纪 50 年代，是江苏省成立较早、规模较大的正畸专科，为南京市临床重点专科。科室拥有牙科综合治疗台 53 台及 Dolphin 软件、iTero 口内扫描仪等国际先进的仪器设备。全科共有医师 29 人，其中高级职称 10 余人，拥有博士 8 人（博士后 2 人）、硕士 18 人，多人担任中华口腔医学会正畸专业委员会委员等职务，多位医生具有海外留学背景。开展标准方丝弓技术等多种技术，在微型种植体支抗技术和自锁托槽矫治技术上有特色优势，还开展了牙周病正畸治疗等多种复杂治疗。
- 江苏省口腔医院（南京医科大学附属口腔医院）
- 医院简介：江苏省第一所三级甲等口腔专科医院，历经多年发展，已成为江苏省口腔医疗、教学、科研、预防和培训中心。
- 正畸科实力：正畸科是江苏省临床重点专科，博士学位授权点，也是国内较早成立的专业科室，是江苏省内正畸学科唯一的国家级及省级临床重点专科，是江苏省 “十三五科教强卫工程” 医学重点学科。科室现有医生 30 人，硕士及以上学历占 95%，有教授 3 人、副教授 6 人，主任医师 8 人、副主任医师 6 人，其中博士生导师 3 人、硕士导师 9 人。拥有国际先进的诊疗设备，常规开展各种错合畸形的矫治，特色诊疗项目包括埋伏阻生牙的诊治、成人骨性错合畸形正畸 - 正颌联合治疗等，临床诊疗水平国内领先。
- 南京鼓楼医院
- 医院简介：南京大学医学院附属鼓楼医院是综合性的三级甲等医院，口腔科是其特色专科之一。
- 正畸技术优势：科室拥有 NewTom（意大利）锥形束 CT、Dolphin 正畸头影测量软件等高端设备。正畸医师在国内较早系统性开展国际上流行的直丝弓矫治技术、自锁托槽技术、舌侧矫治技术、隐形矫治技术和种植体支抗技术，形成以口颌系统的形态为基础、功能为导向的系统诊疗体系，为患者提供更为安全、精准和完善的口腔诊疗。
除了上述医院，南京还有一些口碑较好的口腔医院，如南京致尚口腔医院、南京源泉口腔医院、南京雨花城南口腔医院等。它们都拥有专业的医疗团队和先进的设备，在牙齿矫正方面也有不错的表现。