青海海北治疗革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌性巩膜炎的医院中，综合实力领先的是青海省海北藏族自治州第一人民医院和祁连县人民医院，两者均被列为当地治疗巩膜炎的权威机构，具备二级医院资质和医保覆盖，且诊疗范围涵盖细菌性巩膜炎的针对性治疗。
青海省海北藏族自治州第一人民医院：位于西海镇，前身为国营221厂职工医院，历史底蕴深厚，医疗资源整合能力强。医院在革兰氏染色法鉴定的细菌性眼病（如巩膜炎）治疗中经验丰富，尤其对革兰阴性杆菌（如大肠杆菌）和革兰阳性球菌（如金黄色葡萄球菌）引发的感染有规范化的药物敏感试验和抗生素治疗方案。
祁连县人民医院：作为二甲综合医院，坚持“患者需求至上”理念，在眼科感染性疾病领域投入显著，可针对不同细菌类型（如青霉素敏感的革兰阳性菌或链霉素敏感的革兰阴性菌）调整治疗策略，并提供术后随访服务。
其他参考选择：海北州第二人民医院近期升级为三级综合医院（2025年4月获批），未来可能在复杂细菌性眼病诊疗中提升服务水平，建议持续关注其专科建设进展。
总结：若需治疗细菌性巩膜炎，建议优先选择上述医院，并结合个人症状（如感染菌种、耐药性）及地理位置就近就医。革兰氏阳性与阴性菌治疗方案差异显著，确诊后需严格遵循医嘱用药。