山东的农村合作医疗（新农合）参保人员在新疆住院是可以报销的，但需要满足一定的条件和按照规定的流程操作。以下是详细说明：
1. 异地报销的基本政策
根据山东新农合的政策，参保人员因特殊情况在非参保地（如新疆）住院治疗时，可以申请异地报销。这为长期在外务工、求学或居住的人员提供了便利，降低了医疗费用负担。
2. 报销条件
在新疆住院并申请报销需要满足以下条件：
- 转诊备案：参保人员需提前向参保地的医保部门申请转诊备案，经批准后方可到新疆就医。如果未经备案直接就医，可能影响报销比例。
- 定点医院：需选择医保定点医院就医，非定点医院可能无法直接报销。
3. 报销比例
在新疆住院的报销比例通常较低，具体如下：
- 最低报销比例：合理费用的45%，医院级别越低，报销比例越高。
- 起付线：根据医院级别，起付线可能为1000元或更高。
4. 报销流程
在新疆住院后，需要按照以下步骤完成报销：
- 准备材料：
- 患者身份证、户口本、新农合医疗证。
- 转诊备案表、诊断证明、出院证、住院费用清单、住院收费发票、病历复印件（需加盖医院公章）。
- 提交申请：
- 将上述材料提交至参保地的医保经办机构，若材料齐全，经办机构会进行审核并结算补偿。
- 如果本人不便回参保地，可委托他人代为办理。
5. 注意事项
- 政策差异：由于各地政策可能存在差异，建议提前咨询参保地医保部门，了解具体的报销标准和流程。
- 备案的重要性：未办理转诊备案可能导致报销比例降低或无法报销，请务必在就医前完成备案手续。
山东新农合参保人员在新疆住院可以报销，但需满足转诊备案、定点医院就医等条件，并按照规定的流程提交相关材料。建议提前了解政策，确保报销顺利进行。如需进一步咨询，请联系参保地的医保经办机构。