南京市的农保，即新型农村合作医疗（简称新农合），现在已经整合为城乡居民基本医疗保险的一部分。因此，原先针对新农合的具体报销流程现在适用于城乡居民医保体系下的住院报销流程。以下是基于最新信息整理的南京市城乡居民医保住院报销流程：
准备材料
在进行住院报销之前，患者需要准备一系列必要的文件和证明材料。这些材料通常包括但不限于：
- 住院审批单
- 门诊病历
- 身份证
- 双处方本及首页复印件等
- 出院小结、疾病证明书、住院费用总清单（需盖有医院印章）
- 医疗费用发票原件
对于产妇来说，还需要提供医学出生证明。如果患者身体未康复或行动不便，可以委托他人办理报销手续，但必须提供患者个人和伤口清晰影像资料（如手机录影或照片）。
办理审批手续
参保人在住院前，通常需要预先到医疗保险经办机构办理审批手续。这一步骤确保了后续报销过程的顺利进行，并且能够及时获取相关的政策指导和支持。
入住联网医院
如果患者入住的是已经与医保系统联网的医院，那么住院期间个人需要先垫付住院押金。出院时，通过微机结算费用，个人只需缴纳个人应负担的部分医疗费用。这意味着大部分的费用会直接由医院与医保部门之间进行结算。
未联网医院的情况
如果是在没有实现与医保系统联网的医院住院，则需要患者个人全额结算住院医疗费。之后，可以在每季度末由单位统一到医疗保险经办机构报销，或者根据当地的规定，自行前往办理报销手续。
报销比例和限额
具体的报销比例和限额取决于多个因素，包括但不限于患者的年龄、所住医院级别（一级、二级或三级）、是否属于特殊病种以及具体的治疗项目。例如，在定点医疗机构发生的住院医疗费用，起付标准为三级医疗机构1000元，二级医疗机构500元，一级及以下医疗机构300元。起付标准以上部分，老年居民和其他居民基金支付比例分别为：三级医疗机构65%，二级医疗机构85%，一级及以下医疗机构90%；而学生儿童和大学生各级医疗机构基金支付比例则更高。
特殊情况处理
对于因外伤等原因不能立即进行即看结报的情况，患者需要提供相关证明材料，并按照规定程序申请报销。若患者转往市外医院就诊，还需遵循特定的转诊规定，并可能影响报销比例。
注意事项
- 确保所有提交的医疗费用发票均为原件。
- 在一个自然年度内发生的医疗费用，基金累计最高支付限额为30万元，连续缴费年限越长，最高支付限额越高，最多可增加到36万元。
- 对于不符合报销条件的诊疗项目和服务设施，如挂号费、美容服务等，将不予报销。
以上便是南京市城乡居民医保住院报销的基本流程。值得注意的是，由于政策可能会有所调整，建议在实际操作中咨询当地的医保管理部门以获取最新的指导信息。同时，考虑到不同地区可能存在差异化的实施细则，了解并遵守本地的具体规定是非常重要的。如果您还有其他具体问题，欢迎继续提问。