关于农村医疗二次报销的办理部门和流程，综合权威信息整理如下：
一、报销部门
- 社保中心或乡镇卫生院
二次报销通常在参保人户籍所在地或就医地的社保中心、乡镇卫生院办理。具体分为两种方式：
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医院直接报销 ：在二甲及以上定点医院就医时，可直接在医院收费窗口申请垫付大病保险赔付资金，出院时自动结算。
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出院后报销 ：需携带诊断证明、身份证、参合证等材料到当地社保中心或乡镇卫生院提交报销申请。
- 村（社区）合作医疗联络员
部分地区需通过村（社区）联络员审核材料后，转至乡镇合作医疗联络员处办理。
二、报销流程
- 医院端操作
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住院时出示新农合证直接参与医疗费用垫付。
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出院时医院会出具费用清单、出院小结等材料。
- 患者端操作
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直接报销 ：出院时同步完成。
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出院后报销 ：携带上述材料到指定部门提交。
三、所需材料
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必备材料 ：身份证、参合证、医疗费用发票或费用清单、出院小结等。
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特殊疾病报销 ：需额外提供慢性病诊断证明或特殊疾病门诊病历。
四、注意事项
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时间限制 ：一般需在结束治疗6个月内办理报销。
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地区差异 ：具体报销比例（如最高70%）可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地社保中心。
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缴费要求 ：需满足参保资格及缴费年限要求。
建议办理前通过当地医保部门官网或电话确认最新政策，以确保材料准备齐全。