在学校签订灵活就业协议是否算作就业，需结合具体情况分析：
一、是否属于就业状态
- 法律意义上的就业
根据《中华人民共和国劳动合同法》，就业状态以是否建立劳动关系为准。签订灵活就业协议本身不直接建立劳动关系，只有实际用工并签订书面劳动合同后，才视为就业。因此，仅签协议但未实际入职或未签劳动合同，仍属于未就业状态。
- 学校就业统计的认定
部分学校为提高就业率，可能将签订三方协议视为就业统计的依据，但这种做法可能引发法律争议。实际法律认定仍以是否建立劳动关系为核心。
二、对应届生身份的影响
- 不影响应届生资格
签订灵活就业协议不影响应届毕业生身份，可正常参加公务员考试、研究生入学考试等。部分学校可能将未就业但签协议的学生排除在入党、毕业证发放等事项之外，但此类规定缺乏法律依据。
- 社保与档案管理
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签协议后若未实际就业，通常无需缴纳社保，档案可能由学校统一管理或转回原籍。
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若单位拒绝接收档案或户口，可选择以灵活就业方式就业，但需注意与普通就业的权益差异。
三、建议与注意事项
- 核实协议条款
仔细阅读协议内容，明确就业状态、社保缴纳等条款，避免因协议漏洞影响权益。
- 保留证据
签订协议时留存录音或书面证据，后续若因协议产生纠纷，可作为维权依据。
- 关注地区政策
不同地区对灵活就业的社保缴纳、档案管理有具体规定，需结合当地政策操作。
综上，签订灵活就业协议本身不构成就业，但需注意协议条款的合法性，并结合自身实际情况选择就业方式。