可以
南京社保断缴超过三个月 是可以 补缴的，但具体规定如下：
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养老保险 ：断交三个月无影响，只要最后是满15年交纳就可以。
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医疗保险 ：
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断交三个月以内的，足额补缴后，视为连续缴费，欠缴期间发生的医疗费用可申请零星报销。
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断交超过三个月的，自补缴到账次月起享受职工医保待遇，中断缴费期间的个人账户予以补划，但补缴期间发生的医疗费用医保统筹基金不予支付。
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生育保险 ：在怀孕的时候断交生育保险，不能享受相应福利。
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工伤保险和失业保险 ：三个月的断交对工伤保险和失业保险基本没有影响。
补缴社保的流程如下：
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直接提供补交月的工资凭证复印件，加盖财务章和公章，凭证上要有员工的本人签名。
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准备员工的劳动合同复印件。
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单位起草一份补交申请，说明补交保险的原因，并注明员工姓名和身份证号，加盖公章。
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带上公章及资料到社保局办理补缴手续，再选择缴款方式即可。
建议：
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尽量在规定的时间内补缴社保，以避免影响医保待遇和连续缴费年限。
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如果是单位原因导致的断缴，单位应负责补缴社保费用，个人无需办理相关手续。
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如果是灵活就业人员，需要凭本人社保卡到户籍所在地的区社保中心办理医保续保手续后，恢复医保缴费。