根据相关政策和搜索结果，甘肃缴纳的合作医疗保险在新疆就医是否可报销，需根据具体情况判断，主要分为以下情况：
一、异地就医报销的可行性
- 政策允许异地就医报销
根据《中华人民共和国社会保险法》第四条规定，参保人员有权在异地就医并享受医疗保险待遇，但需符合当地报销政策。
- 异地就医备案要求
需在住院前或出院后3日内向参保地新农合管理部门登记备案，提供居住证明（如居住证、务工证明等）。
二、报销比例与限制
- 报销比例差异
甘肃与新疆的医保政策存在差异，报销比例可能不同。例如，甘肃异地就医报销比例通常为50%-70%，而新疆的具体比例需咨询当地医保部门。
- 支付范围限制
仅限医保目录内的医疗费用可报销，超出部分需自费。
三、所需材料
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必备文件 ：病历复印件、住院费用明细单、出院证明、身份证、合作医疗证、居住或务工证明。
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特殊情况处理 ：若在新疆长期居住或就业，需提供居住证或单位证明。
四、其他注意事项
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参保地政策差异 ：甘肃与新疆的医保起付线、封顶线等标准可能不同，需提前咨询两地医保部门。
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直接结算通道 ：部分地区支持异地直接结算，可通过电话或线上平台办理备案。
五、建议流程（以甘肃参保为例）
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住院前3日内拨打老家新农合咨询电话备案；
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出院后携带所有材料回甘肃办理报销；
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若在新疆长期居住，可咨询新疆医保部门了解当地报销政策。
总结
甘肃缴纳的合作医疗保险在新疆就医可报销，但需提前备案并符合两地医保政策。建议办理前电话咨询两地医保部门，确认具体报销比例、材料要求及流程，以确保顺利报销。