有多种原因
南京药店不能刷统筹的原因主要有以下几点：
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定点药店未开通门诊统筹服务 ：尽管国家正在推动将符合条件的定点零售药店纳入门诊统筹管理，但并非所有定点药店都已申请并获批开通此服务。如果药店自身没有主动申请并获批开通门诊统筹服务，那么在该药店买药自然就不能享受统筹报销。
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所购药品不在门诊统筹基金支付范围 ：即使定点药店已经开通了门诊统筹服务，但参保人员只有在凭定点医药机构处方，在定点零售药店购买医保目录内的药品时，才能由统筹基金按规定支付。如果所购买的药品不在医保目录内，那么就无法通过门诊统筹报销。
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不符合门诊统筹报销的其他规定 ：门诊统筹报销可能存在一些其他规定和限制，比如对报销的起付线、报销比例、最高报销金额等有具体要求。如果在定点药店买药的情况不满足这些规定，也无法算入统筹报销。
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个人账户支付 ：医保卡统筹账户的钱主要用于支付参保人发生医保报销范围内的事故责任，在药店购药不享受门诊统筹待遇，需用个人账户支付。如果需要的药医院没有，医院开具电子处方后可以在药店使用个人账户支付。
综上所述，南京药店不能刷统筹的原因可能是药店未开通门诊统筹服务、所购药品不在医保目录内、不符合报销规定或需要使用个人账户支付等原因。建议您在使用医保购药时，先确认药店是否开通了门诊统筹服务，并确保所购药品在医保目录内，以享受统筹报销待遇。