不会
医保单位缴费 不会 清零。以下是相关依据：
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医保资金累计特性 ：根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，医保资金具有累计特性，即医保的余额每年不会清零。医疗保险费缴纳期数和金额都是累计计算的，只有报销医保时余额才会变动。
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职工医保制度 ：职工医保实行“统账结合”制度，单位缴费部分纳入统筹基金，个人缴纳部分存入个人账户。个人账户的钱可以自己用，也可以按照规定给家人用，未用完的金额可跨年度累积。无论是在职职工还是退休职工，医保个人账户的余额都不会被清零。
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城乡居民医保 ：城乡居民医保的统筹基金主要来自个人缴费和政府补贴，且缴费并不累计为个人账户余额。因此，城乡居民医保没有设立个人账户，更不存在余额清零的情况。
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法律保障 ：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条规定，职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
综上所述，无论是职工医保还是城乡居民医保，单位缴费部分都不会被清零，而是会不断累积在个人的医保账户中，用于支付符合规定的医疗费用。