低保户已缴纳的新农合费用在符合条件时可以申请退回，具体操作和条件如下：
一、可退回的情形
- 重复参保
若低保户在户籍地或参保地重复缴纳了新农合，需提供重复参保证明申请退保。
- 政策性免缴
因享受五保、低保等政策而代缴的费用，若后续政策调整取消代缴，可提供相关证明材料申请退费。
- 缴费后去世
缴费但未生效前去世，已缴费用可申请退还。
- 低保户自身缴费退回
若低保户本人缴费（非代缴），可凭身份证、低保证明等材料申请退费。
二、申请流程
- 准备材料
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身份证、户口本原件及复印件；
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低保证明或五保户相关证明材料；
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缴费凭证（如缴费记录单、银行流水等）。
- 提交申请
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线上：向当地医保局官网或政务平台提交申请；
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线下：到乡镇社保经办机构或村委会医保窗口办理。
- 审核处理
社保机构审核材料后，若符合退保条件，将退还已缴费用。
三、注意事项
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缴费时间限制 ：部分情况下需在次年缴费前申请退保，具体以当地政策为准；
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与其他医保的衔接 ：若已参保职工医保，需先注销新农合；
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线上缴费退款 ：通过代缴渠道缴费的，需提供缴费记录单到医保局办理。
建议优先咨询当地医保部门，确认具体操作流程和材料要求。