可以
新农合（新型农村合作医疗制度）在合肥住院 是可以报销的 ，但需要满足一定的条件。以下是具体的报销情况：
- 报销比例 ：
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普通门诊 ：在二级及以上医院，报销比例为60%，年度最高限额为2000元，起付线较高，需要年度累计800元以上才能报销。
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住院报销 ：
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省三甲医院：报销比例为70%，起付线为1000元。
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市三甲医院：报销比例为75%，起付线为700元。
- 异地就医备案 ：
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参保人员需要在异地就医前办理异地就医备案手续。如果已经办理了异地备案手续，可以在已开通异地联网结算功能的定点医疗机构直接结算医疗费用。
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如果未办理异地备案，需要先垫付医疗费用，再携带相关材料前往参保地医保经办机构申请手工报销。未办理转诊备案手续的，起付金额会增加，报销比例会降低。
- 携带材料 ：
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患者身份证、新农合医疗证、转诊备案手续等。
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出院后需要携带的材料包括：患者本人身份证或户口本（并准备好复印件）、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单（或称“住院发票”）、住院费用清单、出院小结、转诊备案手续等。
如果您已经办理了异地就医备案手续，在合肥的住院费用是可以直接报销的。如果没有办理备案，需要先垫付费用，再回参保地进行报销。建议提前了解并办理好相关手续，以确保顺利报销。